La première mention s'en trouve en 1231 ou Guy de Vuillafans, chevalier, donne à l'hopital Ste Brigitte de Besançon, actuellement détruit, tout ce qu'il possédait à Chantrans. La famille de Chantrans - Une famille de petite noblesse portant le nom de Chantrans sans en avoir la seigneurerie apparaît en 1275. Guillaume de Chantrans, chevalier, fait alors hommage de sa terre de Chantrans à Amédée de Montfaucon, seigneur de Vuillafans, c'est à dire se reconnait son vassal. Cette famille possédait alors un manoir à Chantrans mais ses membres allèrent servir les princes au dehors. Lambert de Chantrans, écuyer, est chatelain de Quingey (1300), puis de Scey en Varais (1306) pour le souverain de Franche Comté. En 1331 Odoz ou Eudes de Chantrans figure parmi les vassaux de Neuchâtel Urtière. Il fait un don à l'église du village en 1347. Estevenin de Chantrans, écuyer, est cité de 1428 à 1443. Jean de Chantrans probablement son fils, occupe les fonctions de chatelain de Montfaucon en 1441, d'Ornans de 1444 à 1464. En 1448 il devient en outre lieutenant de la vicomté qui formait l'un des tribunaux de Besançon. Enfin un "De Chantrans" prends part aux grandes guerres du 16ème siecle dans les armées de Charles-Quint et de Phillipe II . Au commencement du 17ème siecle les biens de cette famille passèrent en partie aux seigneurs de Châteauvieux, en partie à la maison d'Oiselay qui reprit le nom et les armes de Chantrans. Leur origine appartient à Chantrans plus que leur histoire. Le village- Le village lui même se trouvait en grande partie dans les dépendances directes du comte ou souverain comme Ornans. En 1366 la commtesse Marguerite, endettée par sa guerre contre les routiers, vendit le four banal de Chantrans à Henri de Montfaucon-Montbéliard, d'ou il passe en diverses mains. La seigneurerie voisine, Châteauvieux cherchait à prendre pied dans le village. Elle ne l'emporta qu'après plusieurs siècles. En 1586 c'est encore le souverain, à cette époque le roi d'Espagne, comte de la province, qui donne l'autorisation d'élever un moulin "sur un bief courant quelquefois dans l'année". C'est à dire la source allant au ruisseau de Bonneille. Cet établissement comportait, outre les meules, une serre ou scie, une foule ou pressoir à huile de noix et une rebatte ou battoir à chanvre. Son exploitant devait 300F d'entrage une fois donnés puis 5 livres estevenants par an. On voit en 1628 qu'il s'acquittait assez mal. A cette époque, la part de seigneurerie de Châteauvieux s'était augmentée. Dans un dénombrement de 1620, on lit que l'archevêque Ferdinand de Rye, seigneur de Châteauvieux, avait la collation de la chapelle Ste Catherine à Chantrans, plus les biens des héritiers de Simon et Ferdinand de Chantrans, à Chantrans et dans la vallée. Enfin en l'an 1703, Ferdinand-François de Poitiers, seigneur de vuillafans (Châteauvieux) acquit du roi ce qui restait au souverain de ses droits à Chantrans. Ainsi fut consacrée l'annexion définitive de Chantrans à la seigneurerie de Châteauvieux. La paroisse La cure de Chantrans est d'ancienne date. Elle désservait Silley Flagey qui lui sont demeurés et Bolandoz qui de bonne heure posséda une chapelle, puis obtint un pasteur local au 17ème siècle. D'après Jules Gauthier, les registres parroissiaux de Bolandoz n'existent qu'à partir de 1647. Auparavant les baptèmes, mariages, morts s'inscrivaient à Chantrans ou les registes commencent en 1552. La cure est aussi ancienne que celle de Vésigneux sa voisine. Dès 1235 nous voyons le seigneur de scey échanger au chapitre de la cathédrale de Besançon la moitié du patronage de l'église de Chantrans qu'il tenait de ses ancêtres. Dans un pouillé (registre écclésiastique) du 14ème siècle, l'église de Chantrans, dédiée à l'assomption, est citée avec 10 livres de dîme, 20 livres au 16ème siècle. Elle était à la nomination du chapitre métropolitain de Besançon. En 1347, Odon ou Eudes de Chantrans, de la famille noble qui possédait un manoir dans le pays fait don au chapitre de la corvée à l’Angélus, soit dix journaux de terre plus la corvée de Chenecey, soit quatre autres journaux. Ainsi demeure-t-il quitte à perpétuité du luminaire ou cierge qu’il offrait au grand autel de St Etienne et de quatre mesures moitié blé et avoine qu’il devait au chapitre chaque année pour la St Martin. La chapelle St Nicolas de Chantrans est fondée en 1394 sur le territoire d’Ornans par Garnier de Flagey demeurant à Bolandoz qui réserve le droit de nomination à ses descendants directs ou à défaut, au curé de Chantrans. Le chapelain devait résider à Chantrans et dire 6 messes par semaine. Elle est abondamment dotée dans les années suivantes. En 1754, elle appartient aux prieurs et confrères de St Antoine et St Eloi de la cathédrale St Jean de Besançon. En 1768 elle fut unie au chapitre de St Jean. En 1363, Jean de Chantrans, curé, fonde et dote la chapelle de Ste Catherine dans l’église paroissiale. En 1424, nous trouvons un don de terres sises sur Ornans, à la chapelle de l’annonciation de Chantrans. Les fonctions ecclésiastiques étaient exercées dans les chapelles par des chapelains, dans l’église par un vicaire que présentait le chapitre. Les revenus allaient au chapitre. Le vicaire en touchait une part déterminée dite portion congrue ou convenable et le chapitre prétendait que les paroissiens devaient y contribuer. (Dîme appelée la portion congrue, qui comme son nom l'indique, à l'origine, doit permettre au prêtre de vivre convenablement.) Après de nombreuses difficultés, les habitants reconnaissent, en 1758, qu’ils doivent un supplément de portion congrue au vicaire de Chantrans. A la vente des biens nationaux, sous la constituante, (L'Assemblée constituante de 1789 ou Assemblée nationale constituante est la première assemblée française) les biens de l’église et des chapelles se vendirent 13186 Livres à Chantrans, 13676 Livres à Silley, Flagey, Bolandoz et sur les territoires hors de la commune en tout 26882 Livres. En outre un fond appartenant au chapitre de St Jean de Besançon fut vendu 2780 livres. Plus tard en 1795, les biens du comte de Villayer-Fertans, sis sur Chantrans, s’adjugèrent pour 6280 livres et ceux de Silley pour 2020 livres. Chantrans- Le village comptait en 1790- 492 habitants, en 1800- 422, en 1851-594, en 1906-429, en 1911-419. Sur une superficie totale de 1430 hectares, on en trouve 379 cultivables, 31,45 en vignes, 342,60 en bois. Le revenu que la commune tire de ses forêts s’élève à 5600 F par an. Placé à la limite du vignoble et du plateau rive gauche, Chantrans est surtout une commune montagnarde rivalisant avec sa voisine Amathay pour le nombre des têtes de bétail qui lui vaut tantôt le 2ème tantôt le 3ème rang dans le canton. Chantrans possède un chalet de fruitière. Le centime y vaut 32fr84; Le nombre des centimes adittionnels s'élève à 32. Bibliographie: Histoire des communes du canton d'Ornans 1913 A Geneviève
En 1318 on mentionne Jean de Chantrans.
En 1344 Henri de Chantrans, écuyer, porte sur ses armes trois chevrons.
Le chapitre possédait divers biens et redevances dans le pays.